Den här artikeln behöver källhänvisningar för att kunna verifieras. (2020-06) Åtgärda genom att lägga till pålitliga källor (gärna som fotnoter). Uppgifter utan källhänvisning kan ifrågasättas och tas bort utan att det behöver diskuteras på diskussionssidan.

Japans MotoGP 2006 var ett race som kördes på Twin Ring Motegi.

Loris Capirossi tog för andra gången på fyra race en seger, där han ledde från start till mål, och enkelt vann tävlingen. Återigen var det Valentino Rossi som blev tvåa, och efter tävlingen såg han lika glad ut som Capirossi, eftersom han fortsatte ta in poäng på Nicky Hayden, femma i tävlingen. För första gången under säsongen var det en trippelseger för italienska förare, något som hade varit betydligt vanligare under åren innan.

Plats	Förare	Märke	Grid	Kvaltid
1	Loris Capirossi	Ducati	1	1.45,724
2	Valentino Rossi	Yamaha	2	1.45,991
3	Marco Melandri	Honda	3	1.46,250
4	Sete Gibernau	Ducati	5	1.46,316
5	Nicky Hayden	Honda	7	1.46,489
6	Toni Elías	Honda	6	1.46,326
7	Dani Pedrosa	Honda	9	1.46,576
8	Colin Edwards	Yamaha	10	1.46,726
9	Kenny Roberts Jr.	KR	14	1.47,310
10	Makoto Tamada	Honda	18	1.48,426
11	Chris Vermeulen	Suzuki	15	1.47,451
12	John Hopkins	Suzuki	13	1.47,071
13	Kousuke Akiyoshi	Suzuki	12	1.46,958
14	Carlos Checa	Yamaha	17	1.47,905
15	James Ellison	Yamaha	19	1.48,716
16	Alex Hofmann	Ducati	20	1.48,748
17	Shinya Nakano	Kawasaki	4	1.46,291
18	Casey Stoner	Honda	11	1.46,847
19	Randy de Puniet	Kawasaki	8	1.46,512
20	Naoki Matsudo	Kawasaki	16	1.47,826
21	José Luis Cardoso	Ducati	21	1.50,359