Den kryptoniske vetenskapsmannen Jor-El samlar data från ett istäckt område på planeten Krypton. Efter att ha fått proverna han behöver flyr Jor-El från en jordbävning och en attack från en kryptonisk varelse. Jor-El analyserar datan och upptäcker att stigande tryck från Kryptons kärna så småningom kommer att förstöra planeten. Datorn Brainiac, som ansvarar för att övervaka alla större operationer på Krypton, förnekar detta. Jor-El kan inte övertyga Kryptons ledare om planetens hotande undergång, och hans rekommendation att transportera alla kryptoner till Fantomzonen för att undkomma explosionen visar sig vara impopulär. När Jor-El konfronterar Brainiac i frågan märker han att den laddar ner all data som har samlats in om Krypton och förbereder sig för att fly med den i rymden. Brainiac avslöjar att han var medveten om Kryptons ökande tryck långt innan Jor-El, men beslutade sig för att inte informera befolkningen med slutsatsen att spara all information om den kryptoniska civilisationen skulle vara lika gynnsamt som att rädda den. Om Brainiac hade varit ärlig skulle den kryptoniska regeringen frenetiskt sätta datorn i arbete på en utrymningsplan och hindrat den från att hämta data i tid. Jor-El tänker öppna eld mot superdatorn, men bestämmer sig för att inte göra det som eventuellt skulle kunna utplåna alla minnen från Krypton. Brainiac beordrar den kryptoniska polisen att arrestera Jor-El, som dock lyckas undkomma dem för tillfället. Väl hemma skickar han och hans fru Lara sin ende son, Kal-El, ut i rymden ögonblicket innan planeten exploderar, som utplånar alla utom en av den kryptoniska rasen. Brainiac hade flytt till sin satellit precis innan.

Kal-Els rymdskepp kraschlandar på den avlägsna planeten jorden, och han hittas av Jonathan och Martha Kent. Martha beslutar sig för att adoptera pojken, trots Jonathans protester, och namnger honom Clark. När flera år har passerat, under Clarks år i högskolan, upptäcker han att han har extraordinär snabbhet, styrka och att han till och med kan se igenom väggar. Han använder sina superkrafter för att rädda en familj i en olycka på en bensinstation, och hans flickvän Lana Lang blir förvånad över hans helskinnade tillstånd. Clark lär sig snart att han även har värmesyn, och efter att han visat för Jonathan att han kan smälta metall med sina ögon uttrycker han oro över hur onormal han är. Jonathan inser att det är dags att berätta hela sanningen för Clark. Han avslöjar Clarks utomjordiska ursprung, visar honom resterna efter rymdskeppet och ger honom ett inspelat meddelande från Jor-El och Lara.

Ett par år har gått, och Clark bor numera i Metropolis och är reporter för Daily Planet. Miljardären Lex Luthor ger en demonstration av LexCorps senaste robotiska stridsdräkt när den plötsligt blir stulen av terrorister. En flygande man, klädd i blå trikåer och en röd kappa, dyker upp från ingenstans för att stoppa två av terroristerna. Den tredje terroristen avfyrar en missil mot ett plan, vilket tvingar Stålmannen att avbryta jakten för att rädda planet från att krascha i staden. Snart börjar rapporter om den märkliga nya superhjälten att visas på nyheterna, och Perry White säger till Lois Lane att göra en intervju. Samtidigt använder den undkomna terroristen, John Corben, stridsdräkten för att härja i staden. Efter en hård kamp lyckas Stålmannen besegra Corben och tar av honom dräkten, vilket slutar med det kända citatet "Ska vi gå några rundor utan dräkten?". Under tiden i rymden hämtar några utomjordingar Brainiacs satellit. Brainiac dödar utomjordingarna och tar över skeppet, varpå han länkar sig själv online med deras dator. Trivia: Det här är seriens första tredelade avsnitt.

Den intergalaktiska prisjägaren Lobo anställs av Bevararen för att fånga Stålmannen. Bevararen är en samlare av sällsynta arter, och är besatt av att hålla hotade arter i fångenskap för att skydda dem från utrotning. Stålmannen, den siste kryptonen, är det senaste bytet i hans samling. Efter att ha insett att Lobo är den siste czarnianen (som dödat alla de andra själv) förråder han prisjägaren och lägger till honom i samlingen också. Stålmannen och Lobo slår ihop sig för att undkomma Bevararens innehav. Dessutom måste de kämpa mot ett vidrigt band av konkurrerande prisjägare som delar en vendetta mot Lobo.

Stålmannen och The Flash tävlar i en välgörenhetslöpning runt om i världen för att avgöra vem som verkligen är den snabbaste mannen. Samtidigt har en galning som kallar sig Weather Wizard samlat på sig tillräckligt med kraft för att skapa förödande stormar över hela världen. Stålmannen och Flash tar en paus i sitt lopp, slår ihop sig och söker upp den stormframkallande skurken.

En apa hittas svävande i rymden efter att ha återvänt från flera år av skendöd i sitt skepp. Det visar sig att apan, som heter Titano, var en älskad vän till Lois under hennes barndom. I rymden kom dock Titano i kontakt en radioaktiv asteroid, vilket leder till att han muteras på jorden och blir ett stort problem för Stålmannen och Metropolis.

Jokern stjäl en stor bit kryptonit och anländer sedan till Metropolis med erbjudandet att döda Stålmannen för Lex Luthor i utbyte mot en miljard dollar. Under tiden är Bruce Wayne på besök i Metropolis för att förhandla om en affär med Lex. Bruce använder även detta tillfälle till att förklä sig som Batman och jaga clownen. Stålmannen använder sin röntgensyn för att upptäcka Batmans identitet medan Batman använder en spårningsenhet på Stålmannens kappa för att upptäcka hans. Jokern kidnappar Lois Lane och använder henne som bete i ett försök att döda Stålmannen. Han håller henne bunden och munkavlad i sin lya och skickar ett videomeddelande till Stålmannen där han avslöjar sitt tillhåll. Stålmannen bär en dräkt av bly, men Jokern använder syra från sin blomma för att smälta dräkten. Batman lyckas stoppa honom och rädda båda två, vilket får Lex Luthor att bli mycket förargad. Han ger därefter Jokern en sista chans att besegra de två hjältarna. Efter Jokerns misslyckade att besegra Stålmannen och Batman försöker Lex Luthor att dra sig ur affären genom att döda honom. Detta misslyckas och leder istället till att den sinnessjuka brottslingen hämnas genom att förstöra Metropolis i en gigantisk vinge medan han använder den andra halvan av kryptoniten för att försöka stoppa Stålmannen. Det är i slutändan upp till Stålmannen och Batman att stoppa detta vansinne.

Bruno Mannheim och hans gäng har återvänt till jorden, men deras upptåg är bara ett förspel till Darkseids fullskaliga angrepp på jorden och Stålmannen. Den modige officeren Dan Turpin hjälper Stålmannen att slåss mot svärmar av Apokolips demoner. Detta fortsätter tills en krigare från New Genesis med namnet Orion anländer för att hjälpa dem i kriget. Orion, som blir allvarligt skadad, förs till STAR Labs för medicinsk hjälp. Orion återhämtar sig snabbt och förklarar de viktigaste omständigheterna i historien mellan de två världarna och att Darkseid försöker erövra jorden. Snart anländer Darkseids styrkor och iscensätter en attack på flygbasen, som stöts bort av Stålmannen, Orion och SCU.

Efter ett lyckat försök att stoppa Darkseids planer påbörjas invasionen av jorden, och Stålmannen fångas och torteras. Folket i Metropolis står emot och försöker bekämpa den onde härskaren. Även efter att ha sett Stålmannen besegrad och paraderad genom gatorna fortsätter medborgarna i Metropolis att slå tillbaka som stöd till Stålmannen. Stålmannen lyckas befria sig från sina bojor och därefter anländer en flotta av New Genesis fartyg för att stoppa Darkseid. Orion informerar Darkseid om att härskaren över New Genesis, den kloke och mäktige Highfather, har placerat jorden under sitt beskydd och att han kommer att avbryta fredsfördraget mellan New Genesis och Apokolips om invasionen fortsätter. Darkseid avbryter anfallet, och som en sista akt av illvilja vaporiserar han Dan Turpin. Stålmannen går ilsken av sorg och förstör en tank. Senare, på en solig sluttning med en stor folkmassa, hålls en judisk begravning för fallna polismän och en rabbin sjunger Kaddish för Turpin. Stålmannen säger sitt farväl till sin vän: "I slutet behövde världen inte en stålman, bara en modig man".

Jax-Ur och Mala har rymt från Fantomzonen och har underkuvat en hel planet, och har ironiskt nog döpt den till "New Krypton". Efter att ha räddat ett okontrollerat rymdskepp från ett svart hål hamnar Stålmannen på New Krypton. Först känner han att han borde låta Jax-Ur och Mala styra som de vill, men han ändrar uppfattning när han ser att de i hemlighet skapar en flotta med avsikt att attackera jorden.

En medlem ur Green Lantern Corps kraschlandar på jorden och ger sin ring till Kyle Rayner, en artist på Daily Planet, som blir den nye Gröna lyktan. Med Stålmannens hjälp lär sig Kyle om ringens krafter och blir snart en värdefull partner. De arbetar tillsammans för att slåss mot den makthungrige, hänsynslöse motståndaren Sinestro.

Ra's Al Ghul och hans Society of Shadows anländer till Metropolis för att stjäla en mytisk stav från en utställning. Staven kan användas för att stjäla Stålmannens krafter och överföra dem till Ra’s. Det är upp till Batman att hitta och rädda Stålmannen från sin odödlige fiende.