Cornelius Hamsfort den yngre, född 1546, död 1627, var en dansk läkare och historiker. Han var son till Cornelius Hamsfort den äldre.

Cornelius Hamsfort efterträdde fadern som apotekare i Odense. Han började tidigt intressera sig för historisk forskning. Såväl en sammanställning av Holsteins och Ditmarskens historia som hans anteckningar rörande de danska biskoparna under medeltiden och till Danmarks historia i allmänhet har varit av värde för senare forskning. Hamsfort har nämligen ofta hämtat sina uppgifter direkt ur källorna. Alla Hamsforts arbeten är otryckta men har utnyttjats av Jacob Langebek i hans Scriptores rerum danicarum.

• Carlquist, Gunnar (red.) (1932). Svensk uppslagsbok. Malmö: Svensk Uppslagsbok AB:s förlag, band 12 s. 504.