Carl (eller Karl) Joseph Schroeter (eller Schröter), född den 19 december 1855 i Esslingen am Neckar, död den 7 februari 1939 i Zürich, var en tyskfödd schweizisk botaniker.

Schroeter blev assistent och docent i officinell botanik vid tekniska högskolan i Zürich 1879 och professor i speciell botanik där 1884. Han var en eftersökt lärare och ansågs vara en framstående kännare av alpvärlden, vars växtgeografiska och biologiska förhållanden han skildrade i en mängd skrifter. Schroeter var ledamot av Leopoldina och hedersdoktor vid flera universitet, bland annat i München och Cambridge.

• Die Flora der Eiszeit (1882)
• Die Alpenfutterpflanzen (1884)
• Beiträge zur Kenntniss der Matten und Weiden der Schweiz (1892, tillsammans med Friedrich Gottlieb Stebler)
• Die Schwebeflora der Seen (1897)
• Die Moore der Schweiz mit Berücksichtigung der gesammten Moorfrage (1904, tillsammans med Johann Jakob Früh)
• Lebensgeschichte der Blütenpflanzen Mitteleuropas (1906, tillsammans med Oskar von Kirchner och Ernst Loew)
• Das Pflanzenleben der Alpen (1908)

• Schröter, Karl Joseph i Nordisk familjebok (andra upplagan, 1916)

• Wikimedia Commons har media som rör Carl Schroeter.